Роспуск II Думы. 
Новая избирательная система. 
III Дума

Отношения Столыпина со II Государственной думой были весьма напряжёнными. В законодательный орган власти входило более сотни представителей партий, которые напрямую выступали за свержение существовавшего строя, — РСДРП (впоследствии разделившейся на большевиков и меньшевиков) и эсеры, чьи представители неоднократно устраивали покушения и убийства высших должностных лиц Российской империи. Польские депутаты выступали за выделение Польши из Российской империи в отдельное государство. Две самые многочисленные фракции кадетов и трудовиков ратовали за принудительное отчуждение земель у помещиков с последующей передачей крестьянам.

Члены партий ратовавших за смену государственного устройства, попав в Государственную думу, продолжали заниматься революционной деятельностью, о чём вскоре стало известно полиции, руководителем которой являлся Столыпин. 7 мая 1907 года он обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против него самого.

Правительство предъявило Думе ультиматум, требуя снять депутатскую неприкосновенность с предполагаемых участников заговора, предоставив Думе кратчайший срок для ответа. После того, как Дума не согласилась на условия правительства немедленно и перешла к процедуре обсуждения требований, царь, не дожидаясь окончательного ответа, 3 июня распустил Думу. Акт 3 июня формально нарушал «манифест 17 октября» и Основные законы 1906 года, в связи с чем противниками правительства был назван «третьеиюньским переворотом».

Следующим шагом стало изменение избирательной системы. Новая избирательная система, которая использовалась при выборах в Государственные думы III и IV созывов, увеличила представительство в Думе землевладельцев и состоятельных горожан, а также русского населения по отношению к национальным меньшинствам, что привело к формированию в III и IV Думах проправительственного большинства. Большинство в новоизбранной III Думе составили «октябристы», получившие 154 мандата. Находящиеся в центре «октябристы» обеспечивали Столыпину принятие законопроектов, вступая в коалицию по тем или иным вопросам либо с правыми, либо с левыми членами парламента. В то же время, тесными личными связями со Столыпиным (по мнению многих современников — его прямым покровительством) отличалась менее многочисленная партия Всероссийский национальный союз (ВНС), лидировавшая в думской национальной фракции, занимавшей промежуточное положение между октябристами и правой фракцией.

Одним из важных шагов Столыпина, направленных на повышение качества законотворческой работы, был созыв Совета по делам местного хозяйства, созданного ещё в 1904 году по инициативе министра внутренних дел Плеве. В ходе четырёх сессий (1908—1910) в Совете, названном молвой «Преддумьем», представители общественности, земств и городов вместе с чиновниками правительства обсуждали широкий круг законопроектов, которые правительство готовилось вносить в Думу. На наиболее важных обсуждениях председательствовал сам Столыпин.