Животный мир. 
Методы полевых исследований в гидрогеологии

Среди охраняемых животных видов заказника Долина реки Сетунь проживают горностай, ласки и зайцы. Помимо них на территории заказника проживают и прочие не менее примечательные животные виды: белки и кроты. Среди пернатых заказника особой важностью обладают дрозды и снегири, хотя больше других ценятся местные жители ястреба, тетеревятники, вороны, жаворонки, коростели и проч. Из обитателей местной ихтиофауны стоит выделить речных жителей: плотву, карася, щуку и окуня.

В пойме Сетуни встречаются ласка и горностай. В водоёмах можно увидеть водяную кутору и ондатру. 41 вид позвоночных, обитающих в заказнике, является редким для Москвы. Всего в долине реки зарегистрировано 5 видов земноводных, 69 видов птиц и 18 видов млекопитающих. На территории заказника гнездятся 62 вида птиц.

Растительный мир

Флора реки Сетунь в основном представлена такими растениями как: ромашка аптечная, клевер, кустарники, репей, деревья, рябина глоговина, и многими разновидностями цветов.

Современная флора заказника насчитывает 384 вида сосудистых растений, 47 из которых являются редкими для Москвы. В лесных массивах и на лугах можно увидеть цветущими ландыш майский, ежеголовник малый, первоцвет весенний, колокольчики, орхидеи и другие растения, занесённые в Красную книгу города.

Заказник, расположенный в Юго-западном административном округе Москвы, имеет в структуре города важное экологическое, градостроительное и социальное значение. Его главной продольной осью является р. Сетунь. Потенциальная экологическая эффективность природного комплекса высока, благодаря биотопическому разнообразию и наличию участков лесной растительности, а главное, сохранившимся связям с природными ландшафтами Подмосковья. Наличие такой территориальной связи — необходимое условие поддержания устойчивости, сохранения биологического разнообразия и экологической эффективности территорий всего природного комплекса Москвы.

К настоящему времени на территории заказника выявлены местообитания 23 видов высших сосудистых растений, занесенных в Красную книгу города Москвы: 1. Астрагал солодколистный 2. Ветреница 3. Гвоздика Фишера 4. Горицвет кукушкин 5. Дремлик широколистный 6. Земляника зеленоватая (луговая клубника) 7. Колокольчик крапиволистный 8. Колокольчик раскидистый 9. Колокольчик шерстистый (жестколистный) 10. Колокольчик широколистный 11. Ландыш 12. Медуница неясная 13. Незабудка болотная 14. Незабудка 15. Пальчатокоренник мясокрасный 16. Пальчатокоренник пятнистый 17. Пальчатокоренник Фукса 18. Печеночница благородная 19. Поповник обыкновенный (нивяник) 20. Примула (первоцвет весенний) 21. Пупавка красильная 22. Страусник 23. Хохлатка плотная.

Отмечено 16 видов растений нуждающихся на территории Москвы в постоянном контроле и наблюдении: 1. Василистник простой 2. Воронец колосистый 3. Горошек волосистый 4. Горошек четырёхсемянный 5. Дербенник ивовый, плакун-трава 6. Душица обыкновенная 7. Колокольчик рапунцелевидный 8. Колокольчик сборный (скученный) 9. Коровяк медвежье ухо (обыкновенный) 10. Короставник 11. Рдест волосовидный 12. Сусак 13. Фиалка пушистая (опушенная) 14. Фиалка Ривиниуса 15. Фиалка собачья.

16. Фиалка холмовая.

Кроме того, на территории заказника зарегистрированы местообитания 27 видов растений редких на территории ООПТ «Долина реки Сетунь». 1. Астрагал нутовый 2. Брусника 3. Василек скабиозовый 4. Василистник жёлтый 5. Вахта 6.Водокрас 7. Воробейник лекарственный 8. Гравилат алеппский 9. Грушанка круглолистная 10. Козлобородник восточный 11. Коровяк черный 12. Ломонос прямой 13. Лютик ядовитый 14. Мордовник 15. Мыльнянка 16. Орляк 17. Роголистник погружённый 18. Сабельник 19. Синяк обыкновенный 20. Стрелолист 21. Сушеница топяная 22. Хмель 23. Чина гороховидная 24. Чина лесная 25. Чистяк 26. Голокучник Линнея 27. Ястребинка волосистая.

Из них астрагал нутовый, ломонос прямой, чина гороховидная являются интродуцентами или заносными видами, тем не менее их местообитания в заказнике нуждаются в охране. Назрела необходимость включения в Красную книгу г. Москвы таких видов как брусника, чина лесная и грушанка круглолистная наряду с отсутствующими в нашем заказнике другими грушанками, черникой и ортилией. В качестве видов редких и нуждающихся в постоянном контроле и наблюдении в соответствующий раздел Красной книги Москвы должны быть внесены многие растения водно-болотного комплекса: вахта, водокрас, сабельник, стрелолист, а также такие уязвимые папоротники, как голокучник Линнея и орляк; вероятно в эту же группу необходимо включить василистник жёлтый, коровяк черный, мыльнянку и хмель.

Следует подчеркнуть, что в природоохранном отношении весьма ценным является то, что многие из указанных видов произрастают в составе сообществ, близких к ненарушенной растительности аналогичных непреобразованных ландшафтов вдоль других притоков реки Москвы. Обращает на себя внимание практически полное отсутствие во флоре заказника видов, характерных для сухих сосняков (кошачья лапка, зимолюбка и др.), а также представителей олиготрофных лугов (душистый колосок, зубровка, трясунка и пр.), несмотря на то, что ряд урочищ заказника до сих пор сохраняет биотопическое и экотопическое своеобразие этих местообитаний и пригодны для восстановления соответствующих природных экосистем.