Процесс компиляции с# — программы. 
Управляемый и неуправляемый код

При компилировании C# - программы программист получает не исполняемый модуль, а файл, содержащий специальный псевдокод, называемый промежуточным языком Microsoft (Microsoft Intermediate Language или MSIL). MSIL определяет набор переносимых инструкций, не зависимых от конкретного процессора. Важно отметить, что расширения у получившегося файла с MSIL-кодом будет exe, что не должно вводить вас в заблуждение. Система СLR транслирует промежуточный код в исполняемый во время запуска программы. Любая программа, скомпилированная в MSIL — код, может быть запущена в любой операционной системе, для которой реализована среда CLR. Это одна из частей механизма с помощью, которого достигается переносимость программ. MSIL — код превращается в исполняемый при использовании JIT — компилятора (just in time). Процесс работает следующим образом: при попытке выполнения NET — программы система активизирует JIT — компилятор, который компилирует MSIL — код в команды процессора. Компиляция выполняется только для непосредственно вызываемых методов программы. Откомпилированный выполняемый код сохраняется на машине и перекомпилируется только в том случае, если изменяется исходный код.

При написании программы на C# программист создаёт так называемый управляемый код, который исполняется под контролем независимой от языка среды исполнения CLR. Поскольку программа запускается под контролем CLR, управляемый код должен соответствовать определенным требованиям. Требования такие: компилятор должен создать MSIL — файл, предназначенный для CLR, а также использовать библиотеки .NET Framework. Альтернативой является неуправляемый код, который не выполняется CLR. До появления .NET Framework все Windows — программы использовали его. Сейчас эти два подхода могут работать вместе.